Wyspy Raja Ampat (indonez. Kepulauan Raja Ampat) – archipelag w Indonezji między morzem Seram i Oceanem Spokojnym na zachód od półwyspu Ptasia Głowa; administracyjnie wchodzi w skład prowincji Papua Zachodnia tworząc dystrykt Raja Ampat ze stolicą w Waisai; powierzchnia 46296 km²; około 30 tys. mieszkańców; główne wyspy Waigeo, Misool, Salawati, Batanta.
Od półwyspu Ptasia Głowa oddzielone cieśninami Dampiera i Sele.
Porośnięte lasem równikowym; uprawa ryżu, palmy kokosowej, sagowca; rybołówstwo.
Raja Ampat to idealne miejsce do podziwiania tętniącego życiem oceanu. To jedno z najlepszych miejsc nurkowych na świecie. W 2002 roku Raja Ampat zostało wpisane na listę Światowego Dziedzictwa.